Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat Jenderal Kementerian Pertanian terdiri atas:
Sekretariat Inspektorat Jenderal
Sekretariat Inspektorat Jenderal mempunyai tugas memberikan pelayanan teknis dan administrasi kepada seluruh unit kerja lingkup Inspektorat Jenderal.
Inspektorat I
Inspektorat I mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan kebijakan teknis, pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pengawalan, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya pada unit organisasi di lingkungan:
- Sekretariat Jenderal,
- Direktorat Jenderal Hortikultura, dan
- Badan Penyuluhan dan Pengembangan Sumberdaya Manusia Pertanian.
Inspektorat II
Inspektorat II mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan kebijakan teknis, pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pengawalan, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya pada unit organisasi di lingkungan:
- Direktorat Jenderal Prasarana dan Sarana Pertanian, dan
- Direktorat Jenderal Tanaman Pangan.
Inspektorat III
Inspektorat III mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan kebijakan teknis, pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pengawalan, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya pada unit organisasi di lingkungan:
- Direktorat Jenderal Perkebunan,
- Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, dan
- Badan Ketahanan Pangan.
Inspektorat IV
Inspektorat IV mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan kebijakan teknis, pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pengawalan, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya pada unit organisasi di lingkungan:
- Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan,
- Inspektorat Jenderal, dan
- Badan Karantina Pertanian.
Inspektorat Investigasi
Inspektorat Investigasi mempunyai tugas melaksanakan penyiapan perumusan kebijakan teknis, pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu, serta upaya pencegahan korupsi.